Die 14 Gruppensieger und Gruppenzweiten ziehen in die Finalrunde ein. Des Weiteren qualifizieren sich die vier besten Gruppendritten für die Finalrunde.  Aus einer Gruppe mit drei Mannschaften kann sich der Drittplatzierte nicht für die Finalrunde qualifizieren. Die danach noch verbleibenden 23 Mannschaften ziehen in die Trostrunde ein.

Zunächst bestreiten die Teilnehmer das Sechzehntelfinale. Die Sieger bestreiten die Achtelfinalspiele und qualifizieren sich für das Viertelfinale. Die Sieger des Viertelfinales bestreiten das Halbfinale, die Sieger der Halbfinalspiele bestreiten das Finale. Die Spiele des Sechzehntelfnales werden im Hin- und Rückspiel ausgetragen. Ab dem Achtelfinale findet nur ein Spiel statt, das Heimrecht wird einschließlich des Finals jeweils ausgelost.

Der Sieger steigt in die Kreisliga Würzburg auf. Sollte der Sieger des Ligapokals der Kreisklasse Würzburg auf einem direkten Abstiegs- oder auf einem Abstiegs-Relegations-Platz in der Abschlusstabelle der Meisterschaft einer der vier Kreisklassen (Saison 2019/2020) stehen, so kann er seinen Platz in der jeweiligen Kreisklasse für die Saison 2021/2022 halten. In diesem Fall würde der Verlierer des Finals des Ligapokals der Kreisklassen
Würzburg entsprechend in die Kreisliga aufsteigen, sofern er in der Meisterschaft der jeweiligen Kreisklasse weder auf einem direkten Abstiegs noch auf einem Abstiegs-Relegations-Platz steht. Sollte in diesem Fall der Verlierer des Finals des Ligapokals der Kreisklasse Würzburg auf einen Aufstieg freiwillig verzichten wollen oder auf einem direkten Abstiegs-bzw. auf einem Abstiegs-Relegations-Platz stehen, so rückt entsprechend der Sieger eines Entscheidungsspiels der beiden unterlegenen Halbfinalisten des Ligapokals der Kreisklasse Würzburg nach. Sollte einer der beiden unterlegenen Halbfinalisten des Ligapokals der Kreisklasse Würzburg auf einem Abstiegs- oder Abstiegsrelegationsplatz stehen, so steigt der jeweils andere nicht auf einem Abstiegs- oder Abstiegsrelegationsplatz platzierte auf. Sollten beide unterlegenen Halbfinalisten auf einem Abstiegs- oder Abstiegsrelegationsplatz stehen, so entfällt das Recht der Kreisklassen Würzburg einen direkten Aufsteiger über den Ligapokal der Kreisklassen Würzburg in die Kreisliga zu stellen.

In der Trostunde spielen zunächst 22 Mannschaften in einem Achtelfinale mit Hin- und Rückspiel die Teilnehmer am Viertelfinale aus. Ein Gruppensieger hat Freilos und zieht direkt in das Viertelfinale ein. Der Gruppensieger mit Freilos wird ausgelost. Im Anschluss werden ein Viertelfinale und ein Halbfinale in jeweils einem Spiel ausgetragen. Das Heimrecht wird gelost. Die nach dem Halbfinale verbliebenen drei Mannschaften spielen in einem Endturnier den Sieger der Trostrunde aus. Das Turnier findet bei einem Finalisten statt.