16 der 17 Mannschaften der Vorrunde ziehen in die Ligapokal-Zwischenrunde ein. Die 16 Mannschaften spielen jeweils in Hin-und Rückspiel die Teilnehmer der Hauptrunde aus. Es spielt immer der Tabellenerste gegen den Tabellenvierten und der Tabellenzweite gegen den Tabellendritten. Hierbei spielen die Gruppen A gegen B und C gegen D gegeneinander.

Die Hauptrunde des Ligapokals der Bayernliga Nord umfasst das Viertel- und Halbfinale sowie das Finale. Ab dem Viertelfinale werden die Spiele in jeweils einem K.o.-Spiel pro Runde ausgetragen. Teilnahmeberechtigt für das Viertelfinale sind die Gewinner aus Hin-und Rückspiel der Zwischen-runde. Die Spiele werden ausgelost. Das Heimspielrecht erhält der Verein, der in der Vorrunde besser platziert war bzw. den besseren Quotienten innerhalb seiner Gruppe vorweisen kann. Die vier Sieger des Viertelfinals der Ligapokal-Hauptrunde qualifizieren sich für das Halbfinale der Ligapokal-Hauptrunde. Das Halbfinale der Ligapokal-Hauptrunde der Bayernliga Nordwird ebenfalls als K.o.-Spiel ausgetragen. Das 1. Halbfinale bestreitet der Sieger des Viertelfinals 1 gegen den Sieger des Viertelfinals 4. Das 2. Halbfinale bestreitet der Sieger des Viertelfinals 2 gegen den Sieger des Viertelfinals 3. Das Heimspielrecht erhält der Verein, der in der Vorrundebesser platziert war bzw. den besseren Quotienten innerhalb seiner Gruppe vorweisen kann. Der Sieger des Finals des Ligapokals der Bayernliga Nord ist zur Teilnahme an den Play-Off-Spielen gegen den Ligapokalsieger der Bayernliga Süd berechtigt. Sollte dieser Ligapokalsieger eines der geforderten Kriterien nicht erfüllen, rückt der Verlierer des Finals als Teilnehmer an den Play-Off-Spielen zur Regionalliga (2021/2022) nach. Sollte auch dieser eines der geforderten Kriterien nicht erfüllen, rückt der Sieger eines zusätzlichen Entscheidungsspiels zwischen den beiden Verlierern der Halbfinals des Ligapokals nach. Sollte nur einer dieser Verlierer der Halbfinals die geforderten Kriterien erfüllen, so nimmt dieser an den Play-Off-Spielen teil. Sollte keiner der Verlierer der Halbfinals die geforderten Kriterien erfüllen, so entfällt das Recht der Bayernliga Nord zur Teilnahme an den Play-Off-Spielen zur Regionalliga für die Saison 2021/2022. In diesem Fall steigt der Ligapokalsieger der Bayernliga Süd, welcher die geforderten Kriterien erfüllt, direkt in die Regionalliga auf. Sollte der Sieger des Ligapokals der Bayernliga Nord auf einem direkten Abstiegs-oder auf einem Abstiegs-Relegations-Platz in der Abschlusstabelle der Meisterschaft der Bayernliga Nord (Saison 2019/2020) stehen, so kann er seinen Platz in der Bayernliga für die Saison 2021/2022 halten, sofern er die Zulassung zur Bayernliga in der Saison 2021/22 beantragt und erhalten hat. Sollte aus den beiden Bayernligen keiner der Halbfinalisten die geforderten Kriterien erfüllen, so verfällt der Aufstiegsplatzaus dem Ligapokal